Le controindicazioni alla scleroterapia, comuni peraltro alla maggior parte degli interventi terapeutici invasivi, sono divise in assolute e relative. Controindicazioni assolute sono gravidanza, prolungati periodi di allettamento, episodi recenti (meno di 12 mesi) di tromboflebite superficiale o di trombosi venosa profonda, diabete mellito scompensato, tumori maligni, malattie del surrene, tubercolosi, alcune malattie renali (glomerulonefriti e nefrosi). Controindicazioni relative sono alcune malattie del fegato (epatiti acute virali, tossiche o da farmaci; cirrosi epatica), stati febbrili, asma allergico e bronchiale, alcune malattie del cuore (miocarditi e endocarditi), discrasie ematiche. È comunque compito del medico valutare le controindicazioni relative e procedere o meno alla scleroterapia.